Z uwagi na występujące wątpliwości w podejściu do tematu uwzględnia czy też nie podatku VAT w kartach usług, a następnie w umowach wsparcia, została przygotowana instrukcja przedstawiającą możliwe warianty postępowania.
Instrukcja ta stanowi przede wszystkim wytyczne dla Usługodawców, wskazujące poprawne metody przygotowania karty usługi w zakresie VAT. Ponadto, jest to wyjaśnienie dla Przedsiębiorców, w jakich sytuacjach mogą spodziewać się konieczności wpłacenia do Operatora poza wkładem własnym także podatku VAT, a kiedy nie będzie to wymagane.